下一步是在死者体内进行器官检验，这要求法医打开胸腔。借助于电锯或者断肋器(外形与小修枝剪类似)，法医沿着肋骨和与胸骨相连的软骨分界线走刀。他们可能切开胸腔，让肋骨连在胸骨上，摘除整个胸腔前部或者说胸板。腹部检验从法医取出死者肠部开始，利用剪刀或者解剖刀沿着依附组织走刀。如果要求进行大脑解剖，法医会切出一个切口穿过头顶，切口从一只耳朵后面的骨突一直延伸到另一只耳朵后面的骨突，而后利用专用的电锯打开头盖骨，电锯会切断骨骼同时让软组织完好无损。
 
在死者体内对器官的检验结束后，器官便会被摘除，称重并进行进一步化验。有时候，器官会被逐个摘除，这道程序采用的方式被称之为“维尔肖法”。其他时候则利用罗基坦斯基技术将相互连接的器官整个摘除。乌瑟曼说：“我个人喜欢采用罗基坦斯基技术，因为能够更早一点完成摘除过程，让助手进行清理和收尾工作。”
 
器官——尤其是大脑有时会被泡在福尔马林中，时间为几天，甚至几周，而后进行解剖。除了保存器官外，福尔马林也让器官硬化，提高解剖时的整洁度和精确度。脑组织会在福尔马林中固定，因为其天然结构与软凝胶或者硬豆腐类似。乌瑟曼表示：“在福尔马林中泡几周会让大脑的坚固性变得和成熟的鳄梨一样。”肺部摘除之后可能使用固定剂处理。
 
随后，法医提取器官组织样本，一些样本可能进行切片，胃里的东西要反复进行化验。此外，法医和实验室技术人员同样会对体液进行化验，包括尿液、血液、眼睛中的玻璃质凝胶体和胆囊里的胆汁，用于进行药物、传染病、化学成分或者遗传因素检测，具体哪一种取决于尸体解剖目的。法医会将所有进行解剖的器官保存，尤其是那些出现怪异特征或者畸形的器官。

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