复出之作
 
2001年，杨凡导演邀请王祖贤主演了电影《游园惊梦》，这是部30年代江南文化背景的电影与著名昆剧《牡丹亭》深深融合。该片在2001年被美国《时代》杂志评为十大电影之一。剧中王祖贤有双重反串的戏份——女扮男装饰演的《牡丹亭》中的多情公子柳梦梅，和现实中有几分男儿气概的民国女教师荣兰，与日本女星宫泽理惠合作。
 
2001年4月，睽违港台影坛7年的王祖贤首次公开亮相金像奖暨香港国际电影节。
 
2001年4月29日的闭幕式大会上，她与吴彦祖一起颁发了最佳美术指导奖。
 
2001年10月23日，杨凡导演携王祖贤、宫泽理惠以及吴彦祖等一众主演联袂出席《游园惊梦》台湾首映晚会；10月25日王祖贤飞赴日本东京出任东京国际电影节评委。同时《游园惊梦》作为特别观摩片在东京国际电影节期间上映，王祖贤出席了该片记者会及放映会。
2003年3月21日，齐秦在北京首都体育馆举办春分演唱会，尾声时大屏幕上放出了王祖贤在加拿大拍摄的问候视频。2003年，制片人、汤臣老板徐枫女士邀请王祖贤主演内地班底影片《美丽上海》，这是王祖贤电影生涯的告别之作，她在其中饰演一位在美国工作的上海大家庭的女儿，职业是电子工程师。
 
息影退出
 
王祖贤息影前最后一部电影《美丽上海》曾于2004年参展光州电影节，但王祖贤没有出席该活动。

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