1992年冬，作为胡金铨《画皮之阴阳法王》的女主角，祖贤随剧组辗转大陆北方数地，雪中的五台山留下了她礼佛、骑马的身影。新世纪伊始，王祖贤电影生涯的最后两部重要作品《游园惊梦》与《美丽上海》也分别在内地的苏州与上海拍摄完成。
 
1990年3月，王祖贤应日本富士电视台邀请赴东京拍摄电视电影《香港来的女人》。
 
1990年11月，日本电影杂志《马路秀》（Road Show）举行票选活动，王祖贤跃升为最受日本观众欢迎外国女星第一名，且之后连续几年入榜。日本影院在非热门档期推出以她为宣传点的《千年女妖》和《灵狐》等片，亦有不俗票房。
 
1993年3月11日，王祖贤第一张日本单曲《给我一个昨日的拥抱》发行。
 
1993年这一年里，王祖贤分别拍摄《青蛇》、《东方不败风云再起》等七部徐克监制的大制作影片。
 
1993年11月，《青蛇》上映，当年在香港票房普通。2008年11月，该片导演徐克做客中央电视台《艺术人生》节目，其中有个“观众票选最喜爱的徐克作品”环节，结果《青蛇》票选首位。同年，作为笑傲江湖系列电影第三部，《东方不败风云再起》延续了前作的故事，王祖贤在片中饰演东方不败的侍妾雪千寻。影片中王祖贤有大量反串男装。1993年《马路秀》杂志票选最受日本观众欢迎十大外国女明星第六位；2003年韩国网民票选最想念中国明星第一位，且前后三次当选。截至1992年底，王祖贤为港府纳税已经超过1000万港币。

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