同年1月13日晚间9点，JYP公司发出声明，称JYP公司“作为一家文化企业，始终致力于促进和发展中韩两国之间的友好文化交流”，公司（包括周子瑜）“从未有过任何有关中国的政治性言论或行为。网上流传的均为不实传闻，且当事人是年仅16岁的未成年人，其年龄和阅历尚不足于形成自己的政治观点，”声明还同时表示，给保持良好合作关系的合作伙伴带来诸多不便，公司决定取消周子瑜在中国的全部演艺活动。
 
同年1月14日，JYP公司再次发布声明，表示周子瑜本人坚决支持和尊重一个中国的原则，台湾是周子瑜的故乡，有着难以割舍的感情，但台湾人并不代表就是台独，周子瑜从未发表过任何台独言论，网络上流传的所谓“周子瑜支持台独”的言论并不属实。
 
同年1月15日晚，周子瑜通过视频鞠躬道歉。而此视频一出不仅在海峡两岸及海外地区引发了截然不同的反应和争议，甚至上升到了政治层面，并影响到了次日举行的台湾地区两大选举的投票结果。
 
同年1月16日，国台办发言人就周子瑜事件做出回应，表示我们支持两岸文化交流、鼓励两岸青年交流的态度是一贯的。希望两岸青年在交流合作中增进了解，不断深化对两岸关系的正确认知，融洽民族感情。对台湾有些政治势力利用两岸民间交往中的个别事件，挑拨两岸民众感情，两岸同胞要高度警惕。

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