1957年5月20日，从金沙江以东流窜到拉萨的以恩珠仓公布扎西为首的叛乱分子在噶厦的默许下，在拉萨建立了一个名叫“四水六岗”的叛乱组织。7月，“四水六岗”向达赖喇嘛献“金宝座”，达赖喇嘛给到场的甘青川滇各地的叛乱分子的代表500人挂了哈达。
 
1958年3月，“四水六岗”、三大寺、藏军的代表聚集在恩珠仓在拉萨的住宅，策划组织更大规模的叛乱。6月，恩珠仓带着空投特务和电台到山南哲古宗建立叛乱武装根据地，7月间在山南宣市成立“卫教军”，叛乱活动迅速蔓延到西藏大部分地区。8月，恩珠仓率叛乱分子近千人窜到后藏南木林，取走噶厦存放在甘丹青柯寺的藏军的武器装备，扩大叛乱武装。10月，叛乱分子700多人围攻中共山南分工委驻地泽当，经过激烈战斗后被击退。藏军各代本的连、营长在罗布尔卡开会，决定允许藏军去参加叛乱武装，此后就有成股的藏军官兵携枪参加叛乱。叛乱分子袭击解放军的车队的规模越来越大。
 
1958年11月2日在中央的提醒和劝导下，达赖喇嘛召集噶厦的全体噶伦、三大寺的堪布、藏军司令、侍从堪布等人开会，要求西藏地方政府全体官员对平叛采取积极态度，认真负起平叛的责任。但是少数反动分子却错误估计形势，以为中央不敢平叛，解放军兵力不足，解放军在西藏难以坚持。在11月5日噶厦的全体官员会议上，噶厦的官员们名义上讨论如何平息叛乱，实际上却在讨论如何支持和掀起更大的叛乱，并决定达赖喇嘛不宜去北京参加中华人民共和国第二届全国人民代表大会”。紧接着美国中央情报局向山南的叛乱武装空投和运送了大量武器弹药，支持叛乱。12月，山南叛乱武装在贡噶、扎囊两次伏击解放军车队，每次都造成解放军官兵数十人阵亡。
 
1959年1月，恩珠仓为首的叛乱分子2000人再次围攻山南分工委驻地泽当，激战70多天，直到拉萨市的叛乱平定后才解围。同时，在拉萨地区也聚集了越来越多的叛乱武装分子，准备在拉萨制造大规模的叛乱。在武装叛乱愈演愈烈的情况下，中央和西藏工委多次要求噶厦官员认真负起维护地方安宁的职责，采取有力的措施，平息叛乱。但是噶厦中的反动势力始终采取阳奉阴违的办法，纵容和支持武装叛乱。最后终于造成1959年3月的拉萨事件。1959年3月17日，达赖喇嘛出逃印度。
 
1959年4月～1965年1月，担任第二届全国人民代表大会常务委员会副委员长。

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